Про давність села Бабчинці говорять численні знахідки, що знайдені в селі Бабчинці та в навколишніх селах. В І тисячолітті нашої ери ця територія була заселена слов’янським племенем уличів, а в період розширення Київської Русі (під час походів Київських князів на південний захід вона увійшла до складу Київської Русі).
На території села знайдено знаряддя праці первісної людини доби палеоліту: кремінний молоток, кремінну сокиру, кам’яні ножі, скребла, долота, різці. Проте, в архівних документах описуються події, які відбувалися в ХІІ-ХІІІст., саме тоді вперше згадувалось село Бабчинці, коли воно було спалене татарами та всі жителі села загинули. Живою залишилась старенька бабуся, яка дивом врятувалась і вижила, звідси і назва села Бабчинці.
У 1569 році після Люблінської унії село потрапило під владу польської шляхти. За існуючими документами а також переказами найстаріших громадян селяни села поділялися на панських та державних (казенних). Селяни казенні (ІІ частина від Моївки) працювали на державній землі, одержуючи за свою працю оплату грішми.
Станом на 1885 рік у колишньому власницькому селі, центрі Бабчинецької волості Ямпільського повіту Подільської губернії, мешкало 3823 особи, налічувалось 201 дворове господарство, існували 2 православні церкви, постоялий двір, 3 постоялих будинки, 2 лавки та 3 водяних млини.
1892 в селі існувало 603 дворових господарств, проживало 5480 мешканців.
За переписом 1897 року кількість мешканців зросла до 6702 осіб (3382 чоловічої статі та 3320 — жіночої), з яких 5797 — православної віри.
1905 року існувало 1452 дворових господарства, проживало 6472 мешканці, існували волосне правління, православна церква, однокласне сільське училище й церковнопарафіяльна школа, водяний млин, відбувались базари по вівторках через 2 тижні.
22 червня 1920 с. Бабчинці стало одним з місцем битви між об’єднаними українсько-польськими військами та військами Більшовиків. Події про це було описані в Американській газеті Brooklyn Eagle. Армія Яна Ромера успішно воює з кавалерією більшовицького генерала Будьонного, українським військам на північ від Дністра вдалося здійснити успішний рейд на Бабчинці і захопити дві гармати та парк артилерійських установок (орг. June 22 The troops of Gen.. Romer in the Ukraine, have been successful in fighting with the cavalry of the Bolshevist Gen. Budenny, the statement suys, and Ukrainian troops north of the Dniester successfully raided Babczyncie, taking two quick firing cannon and several parks of artillery.)
З 1923 по 1931(32) — центр Бабчинецького району.
